Ngày 13/5/1981, Đức Thánh Cha Gioan Phaolô II bị một thanh niên người Thổ Nhĩ Kỳ tên là Mehmet Ali Agca 23 tuổi ám sát hụt tại Quảng Trường Thánh Phêrô. Mehmet Ali Agca đã bắn 4 phát súng 9mm về phía Đức Thánh Cha lúc đó đang đứng chào dân chúng và Ngài đã ngã ra phía sau. Viên đạn thứ nhất trúng bụng, viên thứ 2 trúng tay trái, viên thứ 3 trúng ngực một bà Mỹ 60 tuổi, và viên thứ 4 trúng tay người phụ nữ Jamaica 21 tuổi. Lý do tại sao Đức Thánh Cha Gioan Phaolô II bị ám sát vẫn còn nằm trong vòng bí mật. Mehmet Ali Agca, sinh ngày 9 tháng 1 năm 1958, đã bị kết án tù chung thân về tội mưu sát ÐTC Gioan Phaolô II.
Trong Đại Năm Thánh 2000, ĐTC đã xin tổng thống Ý tha cho người sát hại Ngài, và Ali Agca sau 20 năm trong tù đã được Ý trao trả cho Thổ Nhĩ Kỳ vào năm 2001, và tiếp tục ở tù ở quốc gia của mình vì tội sát hại một vị giám đốc nhật báo vào năm 1979. Ngài đã vào tù thăm người đã bắn Ngài và đã tha thứ cho anh. Ali Agca có lẽ đã cảm kích cử chỉ của Đức Thánh Cha nên đã quỳ xuống hôn tay Ngài cách trân trọng.
Ðể ghi nhớ muôn đời, một trong các viên đạn được lấy ra lúc giải phẫu cho ÐTC, tại Bệnh viện Bách Khoa Gemelli ở Roma, đã được ghép vào triều thiên của Ðức Mẹ tại Ðền Thánh Fatima trong dịp ÐTC đến hành hương tạ ơn 13/05/1982. Trong cuộc hành hương Năm Thánh 2000, ÐTC còn để lại một kỷ niệm khác nữa: đặt dưới chân Mẹ chiếc nhẫn Giám mục quí giá, do Ðức Cố Hồng Y Stefan Wyszynski, Giáo chủ Ba lan và TGM Varsovie, tặng cho ngài khi được bầu làm Giáo Hoàng (16/10/1978). Còn chiếc giây lưng trắng bị đẩm máu trong vụ mưu sát tại Quảng trường Thánh Phêrô lúc 17giờ 10 phút ngày 13/05/1981, đã được để lại làm kỷ niệm tại Czestochowa, Ðền Thánh quốc gia Ba lan, nơi ÐTC đã đến hành hương nhiều lần trong những năm sinh sống tại Ba lan và cả sau khi đã làm Giáo Hoàng.
Đức Thánh Cha Gioan Phaolô II cũng đã cho phổ biến chuỗi Mân Côi thứ 4, tức Chuỗi Sự Sáng thêm vào 3 chuỗi Mân Côi đã có từ lâu, có lẽ cũng xuất phát từ lòng tri ân Mẹ.